Bioinformatics (Computational Biology) is an interdisciplinary research field at the intersection of biology, mathematics, statistics and computer science. It seeks to create, advance and apply computational solutions to solve formal and practical problems arising from the management and analysis of very large biological data sets.

In “Bioinformatics Workshop Series”, developed by Eslahchi-Lab in conjunction with Shahid Beheshti University, Institute for Research in Fundamental Sciences (IPM) and Iranian Bioinformatics Society (IBIS), we intend to give a better understanding of this rapidly growing field and its current active research topics. All student and researchers who seek to do research in this field are encouraged to participate in these workshops.

In the first workshop, we provided a basic introduction to Bioinformatics. In the second workshop of these series, we aim to provide a comprehensive workshop on sequence analysis. Sequence analysis and sequence alignment in particular is a fundamental concept to many Bioinformatics problems and applications.

In the two-day “Sequence Analysis” workshop first you will learn about pairwise and multiple sequence alignment. You will learn both theoretical and practical skills. We will show how to employ well-known sequence analysis tools such as EMBOSS, Clustal and Muscle packages to run pairwise and multiple sequence alignments in practice.

In addition to sequence alignment, we will introduce the famous NCBI BLAST software. We will explain algorithmic aspect of BLAST and then we will show you how to do online BLAST queries. You will also learn to build local BLAST databases and query your own databases offline.

Moreover, we will present hidden markov models (HMMs) as a tool for building and querying protein families. In addition to theoretical concepts of HMMs, we will also teach you to work with the famous HMMER package to build and query protein families.

بیوانفورماتیک یا همان زیست محاسباتی یک زمینه ی تحقیقاتی بین رشته ای مرتبط با رشته های زیست شناسی، ریاضیات، آمار و علوم کامپیوتر میباشد که هدف آن ایجاد، پیشبرد و اعمال کردن روش های محاسباتی برای حل مسائلی است که از مدیریت و یا آنالیز داده های حجیم زیستی نشات میگیرند.

در سلسله کارگاههای بیوانفورماتیک – که توسط آزمایشگاه دکتر اصلاحچی و با همکاری و مشارکت دانشگاه شهید بهشتی، پژوهشگاه دانش های بنیادین و انجمن بیوانفورماتیک ایران برگزار میشود – قصد داریم که درک بهتری از این زمینه ی تحقیقاتی رو به رشد و مسائل داغ و به روز آن ارائه نماییم. شرکت در این کارگاه ها به کلیه دانشجویان و محققینی که قصد تحقیق در این زمینه را دارند توصیه میشود.

در نخستین کارگاه یک معرفی کلی و پایه ای در مورد بیوانفورماتیک ارائه شد. در دومین کارگاه از سلسله کارگاه های بیوانفورماتیک قصد داریم نگاه جامعی به موضوع آنالیز توالی داشته باشیم. آنالیز توالی و بالاخص همترازی توالی­ها مفهمومی بنیادین در بسیاری از مسائل و کاربردهای بیوانفورماتیک می باشد.

در کارگاه دو روزه آنالیز توالی ابتدا با همترازی دوگانه و چندگانه­ی دنباله ها آشنا خواهید شد. مهارت­ها هم به صورت تئوری و هم به صورت عملی معرفی خواهند شد. به علاوه نشان خواهیم داد که چگونه به صورت عملی با نرم افزارهای معروف و شناخته شده­­ی آنالیز توالی همچون EMBOSS، Clustal و Muscle همترازی دوگانه یا چندگانه انجام دهید.

علاوه بر همترازی توالی­ها، نرم افزار بسیار معروف و پرکاربرد NCBI BLAST را معرفی خواهیم کرد. جنبه های الگوریتمی BLAST را تشریح کرده و سپس نحوه­ی انجام جست و جو توسط BLAST را به صورت آنلاین نشان خواهیم داد. همین طور به شما یاد خواهیم داد که به صورت آفلاین از داده­های خود پایگاه داده ایجاد کنید و در آن­ها جست و جوهای BLAST انجام دهید.

علاوه بر مباحث قبلی، مدل­های پنهان مارکوف را به عنوان ابزاری برای ساخت و جست و جو در خانواده­های پروتئینی معرفی خواهیم کرد. علاوه بر مباحث تئوری مدل­های پنهان مارکوف، نحوه ساخت و جستجوی خانواده­های پروتئینی توسط نرم افزار معروف HMMER را به شما آموزش خواهیم داد.